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後期に入って出現した大規模集落は，その選地よりみて明らかに営農集落であった，とみることができる．集落を構成する個々の住居は，竪穴式であり，その平面形状は，楕円形・隅丸方形であった．一集落を構成する住居数がどのくらいであるのか，ということを明らかにする資料はまだ提出されていないが，数軒より10数軒程度が一般的に一時期存在住居数であったようであり，それ以上の集落は極めて少なかったようである．かつて，久ケ原遺跡の住居は100を単位とする，と説かれたこともあったが，それは同道跡の長期間継続定住を示すものであり，一時的に限定された数字ではなかった．
竪穴住居は，多くの場合，弧を描いて分布し，それを一単位として集落を理解する方法が採られている．そこには，中央に広場を持ち，農業共同体としての共同利用空間の設置がなされていることもあり，一方，竪穴住居に混じって高床式の倉庫と考えられる柱穴群が見出されることも少なくない．
竪穴住居の規模は，後期の前半と後半では若干異なる傾向があり，前年で大きく，後半では相対的に小さくなっている．これは拠点的な大集落と分村的な集落との関係が反映している可能性があり，後半になると分村が多くみられるようになったことを示す現象であるかも知れない．住居内の中央やや北側に素掘炉を持っていることが一般的であり，柱穴もかなり大きくそして深く掘られているものが多い．しかし，後半になると，平面プランは円より方に近くなり，床面積も小さくなってくる．
竪穴住居より出土する土器の中に朱塗りされたものが多くなってくるがそれは後半に近づくにつれて多くみられるようになる祭祀用土器の存在として把握されるものであろう． 自然との対応を生活の基盤とする弥生人は，1つの住居構成員の思惟を越えて，農業共同体としての共通した意識を持って集落の維持経営に当たっていたことであろう．
現在のところ，住居の発掘された例は各地域でみられるが，それを集落の全容把握といった観点よりとらえることのできる遺跡は多くない．右岸における日吉台遺跡（横浜市）は，後期に形成されたもので10数軒の住居が発掘されているが，その集落構造については明らかではない．一方，中流域の宇津木遺跡（八王子市）では60軒以上の竪穴住居跡が発掘されたことがある．その時期は，後期の後半のものが大部分を占め，宇津木遺跡の盛期がその時点に当ったことが明らかにされた．これらの住居は丘陵上の平坦面に密集して営まれており，北側の斜面下に湧水，南側の斜面下に広い谷を配している．この谷がそのまま水田として利用されていたことが察せられ，多摩丘陵における弥生時代の集落の一典型として把握することができるのである．